A catedral é o templo que acolhe a cátedra (trono) do bispo, simbolizando o lugar de onde ele governa a igreja local. Originalmente, o trono da Catedral de São Paulo ficava à esquerda do altar-mor (que fica logo acima da Cripta), instalado segundo as orientações litúrgicas pré-conciliares em que o sacerdote celebrava de costas para os fiéis.  O trono estava protegido por um dossel e um pálio, confeccionados em veludo com guarnições de madeira. Com a reforma litúrgica, um novo altar foi confeccionado, mantendo-se ao fundo o original. Mais recentemente, o cardeal Odilo Pedro Scherer, arcebispo metropolitano de São Paulo, transferiu o antigo trono para a lateral direita frontal do presbitério avançando, sobre uma plataforma de madeira, para as escadarias que dão acesso ao altar. A nova localização privilegia o contato visual do arcebispo com os fiéis e vice-versa. A peça, original da inauguração da igreja, é feita de madeira lavrada e esculpida.