A cúpula da Sé foi tema de calorosos debates. Já em 1912, na reunião em que anunciou o projeto da nova igreja, o então arcebispo de São Paulo abordou a questão afirmando que a nova catedral seria coroada com uma “soberba cúpula” que lhe imprimiria “feição absolutamente original e característica”. A ideia, entretanto, não agradou alguns críticos e chegou a ter um parecer negativo do Vaticano. Até que foi finalmente aprovada após um parecer da Escola Politécnica da USP, por meio de Anhaia Mello, que assumiu os trabalhos de finalização da obra.