Os pisos da nave central e da cripta da Catedral são feitos de mármore Carrara. Na cripta, o conjunto de pedras pretas e brancas forma um quadriculado característico que, inclusive, compõe a logo do projeto “Concertos Cripta” junto com o teto abobadado de arestas com arcos em tijolinhos aparentes. Esses arcos estão sobre 42 colunas de cantaria (blocos talhados em pedra bruta) com capiteis lavrados com símbolos diversos. Um mosaico redondo no piso da cripta marca, no cruzamento das naves longitudinal e transversal, o ponto onde está, acima dele, o altar principal da Catedral. Com 619 metros quadrados e 7 metros de altura, a cripta pode ser acessada por duas escadarias de cantaria localizadas à esquerda e à direita abaixo do altar da catedral, guarnecidas de
balaustrada em arcadas ogivais, com os corrimãos e os capiteis dos pilares em granito polido. “Uma joia arquitetônica”, nas palavras de dom Paulo Rolim Loureiro em guia da catedral de 1956.